Les étudiants ont la possibilité dès la deuxième année de poursuivre leurs études par alternance au sein d’une entreprise.
Les apprentis suivent alors la même formation que les étudiants tout en s’engageant dans la vie professionnelle. Ils acquièrent des connaissances théoriques qu’ils mettent en pratique lors de réelles situation professionnelles.
Ainsi ils apprennent à devenir autonomes et développent le sens des responsabilités. Après leur formation, les jeunes sont immédiatement opérationnels et leurs qualités répondent aux besoins des entreprises.
De plus, grâce à cette formule, les apprentis sont dispensés des frais de scolarité, perçoivent une rémunération et bénéficient d’une couverture sociale.

Les avantages de l’apprentissage sont multiples

• Les étudiants bénéficient d’un véritable contrat de travail, du statut salarié, sont exemptés des frais de scolarité et perçoivent une rémunération mensuelle indexée sur un % du SMIC.

• La période passée en entreprise leur permet de se confronter aux réalités économiques, de développer de nouvelles compétences et d’enrichir leur CV d’une réelle expérience professionnelle de salarié de plus en plus exigée par les recruteurs.

• Pour les entreprises, ce nouveau mode de formation constitue le meilleur outil de gestion prévisionnelle des compétences et permet un développement efficace de ressources humaines, car les jeunes formés en alternance sont immédiatement opérationnels et s’adaptent vite à la culture d’entreprise.

L'Institut Supérieur d'Apprentissage des CCI de Franche-Comté a été créé en 2003 avec le soutien du Conseil régional de Franche-Comté. C'est un CFA (Centre de Formation d'Apprentis). Il regroupe les formations diplômantes des Ecoles de Commerce des Chambres de Commerce et d'Industrie de Franche-Comté sous statut apprenti. Il est géré par une Association de gestion, présidée par la Chambre Régionale de Commerce et d'Industrie de Franche-Comté (CRCI).

Il est lié par convention au Conseil régional de Franche-Comté.

Ces formations, spécialisées en commerce et en gestion, s'adressent aux bacheliers et aux diplômés Bac+2 , désireux de s'impliquer en entreprise, de préparer un métier et de suivre en même temps une formation reconnue et validée par un diplôme ou un titre enregistré au RNCP (Répertoire National des Certifications Professionnelles).

Elles ont lieu à Besançon , Lons-le-Saunier , Montbéliard et Vesoul , dans les Ecoles de Commerce des CCI.

Les effectifs ont progressé de 51 en 2003 à 180 fin 2008 .